Fue nombrado como presidente de la República, el 24 de mayo de 1865, después que Pedro de Aycinena, presidente provisorio convocó a elecciones. Mantuvo al pueblo de Guatemala bajo un gobierno oligárquico y opresor. Siguió la política conservadora de Rafael Carrera, cometía muchos atropellos contra el pueblo. Durante su administración se construyó el muelle del puerto de San José. Se construyó el mercado de la capital de Guatemala en lo que era la antigua Plazuela de El Sagrario. Era un hombre cruel, dictador y rencoroso.

      El 17 de enero de 1869 fue reelecto para gobernar durante un segundo período en la presidencia de la República de Guatemala, dicha reelección creó un descontento en todos los pueblos, y a raíz de esto, varios patriotas encabezados por el licenciado Luis Rubio salieron a las calles a gritar "MUERTE A CERNA...!!", lo que hizo que un pelotón de soldados diera fuego contra ellos matando a Luis Rubio y muchos de sus acompañantes.

      En 1867, el mariscal Serapio Cruz se levantó en armas en contra de Cerna, pero su movimiento fracasó. En 1869 surgió nuevamente el movimiento subversivo encabezado por el Mariscal Serapio Cruz, de acuerdo con Justo Rufino Barrios. Tomaron la plaza Nentón, y de otros pueblos del departamento de Huehuetenango, en julio de 1869, pero fueron perseguidos por las fuerzas del gobierno. El 22 de enero de 1870, el Mariscal Serapio Cruz, en su lucha, había llegado a la población de Palencia, cuando fue sorprendido por las tropas que comandaba el general Antonio Solares, amigo y compadre del Mariscal Cruz, quien le dió una muerte horrorosa, quitándole la cabeza para remitirla envuelta en hojas a Cerna. La cabeza del Mariscal Serapio Cruz fue exhibida en el hospital dentro de una jaula, como un escarmiento a quienes se oponían al gobierno de Cerna. A raíz de esto surge la REVOLUCION DE 1871 comandada por Miguel García Granados y Justo Rufino Barrios. El 23 de junio de 1871 fue derrotado el ejército que comandaba el propio Cerna, en el departamento de Totonicapán.